Barcelonan vanhan kaupungin sydämessä on salaperäinen ""Kadonneiden kirjojen hautausmaa"". Sinne kirjakauppiasisä vie kymmenvuotiaan poikansa Danielin ja antaa hänen valita itselleen kirjan. Käsiin osuu Tuulen varjo, jonka kirjoittaja on kadonnut mystisesti, kenties murhattu. Yli vuosikymmenen ajan Daniel seuraa kirjailijan jälkiä läpi rakkauden, väkivallan, ystävyyden ja petoksen labyrintin. Sitten Caraxin salaperäinen tarina alkaa toistua Danielin omassa elämässä: eräs Tuulen varjo -romaanin henkilöistä ryhtyy vakoilemaan ja uhkailemaan häntä.